[email protected] met Nerdland

COVID-19 en simulaties

Alle ogen zijn vandaag gericht op wetenschappelijk onderzoek naar een mogelijk COVID-19-vaccin. Een van de pistes die daarin onderzocht wordt is hoe bepaalde proteïnen (kleine fascinerende moleculaire machines) interageren met elkaar interageren, om zo mogelijke methodes te ontdekken waarop een vaccin/remedie zou kunnen werken.

Het probleem is dat er echt een gigantisch aantal combinaties en interacties van proteïnen en hun structuur (want structuur beïnvloedt werking) mogelijk zijn. En een gigantische zoekruimte, dat is waar computers en rekenkracht uiteraard in the picture komen. Niet elk onderzoeksinstituut beschikt over een peperdure supercomputer (of de tijd om daar berekeningen op uit te voeren is zeer kostbaar).

Dit is waar [email protected] in the picture komt: door de rekenkracht van vele computers te combineren kan er een ongelofelijk resultaat behaald worden: Momenteel haalt het project meer dan een één exaflop!

Sinds de COVID-19 crisis is [email protected] enorm onder de belangstelling gekomen. Hoe ze onderzoek ondersteunen en wat hun plannen zijn voor de toekomst vind je op hun blog.

Mee folden met je computer

Op de site van [email protected] zijn clients beschikbaar voor alle gangbare besturingssystemen. De client zorgt ervoor dat er telkens een klein beetje werk (zie het als een klein stukje van de puzzel) wordt opgehaald, je computer de berekeningen uitvoert, en het resultaat terugstuurt.

Je kan de client zo instellen dat hij enkel werkt als jij je computer niet gebruikt (als je computer idle is), alsook voor welke projecten je je wil inzetten. In dezer dagen staat dat standaard op “Covid-19”, maar er zijn ook projecten rond kanker, alzheimer, etc… beschikbaar.

Voor Windows is er een extra applicatie beschikbaar die je in staat stelt om een 3D-visualisatie van het proces te bekijken.

Visualisatie van [email protected] proteïnenvouwen

Standaard worden zowel je CPU (processor) als GPU (grafische kaart) ingezet om proteïnen-folding te simuleren. Die laatste is daar een pak sneller in, maar niet iedereen heeft een compatibele grafische kaart.

Je kan de client instellen op light, medium of full. Hou de temperaturen van je systeem in de gaten. Een onvoldoende geventileerde laptop of desktop kan erg warm worden bij het folden – dan is het misschien de moeite om een versnelling lager te schakelen.

Gamification: Join het Nerdland-team

Als motivatie / bragging rights wordt er online een scorebord bijgehouden van wie het meeste “werk” (gemeten in Work Units) verzet. Verschillende gebruikers kunnen ook samenwerken in een team.

Met Nerdland hebben we zo’n team, en ons teamnummer is 239672. Dat kan je ingeven bij het instellen van je [email protected] Client.

Gedetailleerde statistieken van Team Nerdland en zijn deelnemers vind je hier op de site van Extreme Overclocking, die dagelijks de [email protected] statistieken uitlezen en in mooie grafiekjes gieten.

Op moment van schrijven zijn we ‘s werelds 288ste beste team – een enorme prestatie! Bedankt aan iedereen die meerekent :)

Je kan voor de lol ook een “officieel” certificaat ophalen op de stats pagina van [email protected]

Het werk dat het Nerdland [email protected] team neerzette in mei 2020

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.